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Encoding:
Text File  |  1993-06-23  |  1.6 KB  |  65 lines
  1.  
  2.             trna model
  3.  
  4.     Data Files:
  5.  
  6.     A F-MET t-RNA modelled by Prabhakaran was used.
  7.  
  8.     A secondary structure assignment was made automatically:
  9.         pdb-nuc-pdb trna.pdb trna.ss
  10.  
  11.     This file was then edited by hand to add a code for the "domains"
  12.     of the tRNA molecule.
  13.  
  14.     The *.ribbons file consists of only one filename:
  15.         ls calmod.ss > calmod.ribbons
  16.  
  17.     This file was then edited to add a special color file, "nucleic.color".
  18.  
  19.     The *.coords file consists of only one filename:
  20.         ls trna.pdb > trna.coords
  21.  
  22.     This file was then edited to add the special "nucleic" key.
  23.  
  24.     The *.model file file was created, then edited to change the menu name:
  25.         pdb-model  trna.pdb  trna.model
  26.  
  27.     The model was displayed at this stage to color and 
  28.     select the special "base-attachment" bonds:
  29.         ribbons
  30.         ( display the ribbon, open Ribbon Panel.
  31.           set Sequence Color = "dom",
  32.           set Print Select = "base-A", Print File  => trna_ba0.rcyl
  33.           Exit ribbons )
  34.  
  35.     This cylinder file was renamed:
  36.         mv trna_ba0.rcyl trna_ba.rcyl
  37.  
  38.     The *.bonds file consists of only one filename:
  39.         ls trna_ba.cyl > trna.bonds
  40.  
  41.     Create the solid aromatic ring polygons:
  42.         pdb-nuc-ring trna.pdb trna-ring.tri
  43.  
  44.     Create the *.polys file from this single set:
  45.         ls trna-ring.tri > trna.polys
  46.  
  47.  
  48.     The complete nucleic acid model is now ready for display.
  49.  
  50.  
  51.  
  52.     Image File:    rna.rgb
  53.  
  54.     The model was displayed with default settings on the Ribbon Panel
  55.     for everything except:
  56.         Sequence Color = "dom"
  57.         Ribbon Style = "Square"
  58.         Ribbon Texture = "Dipole"
  59.         Sheet Width = "6.0"
  60.         Helix Width = "0.3"
  61.         Ribbon Sample = "13"
  62.     The image was saved from the Geom Panel.
  63.  
  64.         11
  65.